В 1560 го­ду по при­ка­зу ца­ря Иоан­на Гроз­но­го при хра­ме был устро­ен муж­ской мо­на­стырь, об­не­сен­ный ка­мен­ной сте­ной. В 1613–1614 го­дах швед­ские вой­ска, за­хва­тив Нов­го­род, не раз пы­та­лись уни­что­жить мо­на­стырь, но за­ступ­ле­ни­ем Бо­жи­ей Ма­те­ри оби­тель бы­ла спа­се­на. Так, од­на­жды, в ви­ду при­бли­жав­ше­го­ся швед­ско­го вой­ска, ино­ки ре­ши­ли бе­жать из мо­на­сты­ря, взяв чу­до­твор­ную ико­ну, но не мог­ли сдви­нуть ее с ме­ста. Это чу­до оста­но­ви­ло ма­ло­душ­ных, и они оста­лись в мо­на­сты­ре, упо­вая на за­щи­ту Бо­жи­ей Ма­те­ри. Незна­чи­тель­ные по чис­лу за­щит­ни­ки мо­на­сты­ря успеш­но от­ра­жа­ли ата­ки на­мно­го пре­вос­хо­див­ших их сил про­тив­ни­ка. На­сту­па­ю­щим шве­дам то пред­став­ля­лась мно­го­чис­лен­ная рать рус­ских, иду­щая от Моск­вы, то ка­кое-то небес­ное во­ин­ство, и они об­ра­ща­лись в бег­ство. По­сле чу­дес­ной по­бе­ды над шве­да­ми в мо­на­стырь при­бы­ли цар­ские по­слы. Сняв спи­сок с чу­до­твор­ной ико­ны, они от­пра­ви­лись в де­рев­ню Стол­бо­во, в 50 вер­стах от Тих­ви­на, где 10 фев­ра­ля 1617 го­да был за­клю­чен мир со шве­да­ми. Глав­ною по­ру­кою ми­ра с рус­ской сто­ро­ны был при­не­сен­ный спи­сок с чу­до­твор­ной ико­ны. Впо­след­ствии этот спи­сок был при­не­сен в Моск­ву и по­став­лен в Успен­ском со­бо­ре, а за­тем по прось­бе нов­го­род­цев, участ­ни­ков вой­ны со шве­да­ми, от­прав­лен в Нов­го­род и по­став­лен в Со­фий­ском со­бо­ре. Так с на­ча­ла XVII ве­ка на­ча­лось все­рос­сий­ское по­чи­та­ние Тих­вин­ской ико­ны Бо­жьей Ма­те­ри.
В ХХ ве­ке, в го­ды ли­хо­ле­тья и же­сто­ких го­не­ний на Цер­ковь Бо­жию мо­на­стырь был за­крыт. В 1944 го­ду бу­ду­щий ар­хи­епи­скоп Чи­каг­ский и Мин­неа­по­лис­ский Иоанн (Гарк­лавс) и ми­ря­нин по име­ни Сер­гий (впо­след­ствии его при­ём­ный сын), спа­сая чу­до­твор­ную Тих­вин­скую ико­ну, увез­ли её в Ев­ро­пу, а за­тем – в США. Пе­ред сво­ей кон­чи­ной в 1982 го­ду ар­хи­епи­скоп Иоанн за­ве­щал сво­е­му при­ём­но­му сы­ну про­то­и­е­рею Сер­гию Гарк­лав­су за­бо­тить­ся об иконе Бо­го­ро­ди­цы Тих­вин­ская и вер­нуть её Рос­сии то­гда, ко­гда в стране из­ме­нит­ся от­но­ше­ние свет­ской вла­сти к Церк­ви и бу­дет вос­ста­нов­лен Тих­вин­ский мо­на­стырь. Тор­же­ствен­ное воз­вра­ще­ние свя­ты­ни про­изо­шло в 2004 го­ду: 8 июля 2004 го­да, по­сле 60-лет­не­го от­сут­ствия, свя­ты­ня вер­ну­лась в Тихвинский Богородичный Успенский монастырь, ко­то­рый из­бра­ла для сво­е­го по­сто­ян­но­го пре­бы­ва­ния шесть сто­ле­тий на­зад.