Но и преподобный Афанасий не сразу принял его. Лишь видя неотступность отрока, он постриг его в иноческий чин. Преподобный. Никон, живя у него, упражнялся в молитве, изучал Священное Писание и преуспевал в добродетели и чистоте. Когда он достиг совершеннолетия, то был рукоположен в сан священника. Через некоторое время преподобный Афанасий благословил его увидеться с Преподобным Сергием. Преподобный Сергий, весело взглянув на него, сказал: "Хорошо, что ты пришел, чадо Никон", и любезно принял его. Он повелел преподобному Никону служить братии. Целые дни проводил ученик в монастырских делах, а ночи - в молитвенных беседах с Богом. Преподобный Сергий утешался его жизнью. Получив о нем особое извещение, Преподобный Сергий повелел ученику пребывать с собой в одной келлии, чтобы сделать его участником духовного преуспеяния. Он с любовью поучал его и много разъяснял сущность духовной жизни. Преподобный Сергий поставил преподобного Никона сначала на должность помощника настоятеля, а за шесть месяцев до своего преставления, когда предался безмолвию, назначил ученика своим преемником.
После преставления Преподобного Сергия (+ 25 сентября 1392) он с любовью поддерживал всё, что было установлено основателем обители. Он имел обыкновение обходить все монастырские службы, но никогда не оставлял и общих дел, трудясь наравне с братией. Но бремя настоятельства тяготило преподобного Никона. Вспоминая свою безмолвную жизнь сначала в Серпуховском Высоцком монастыре, а затем с Преподобным Сергием, он оставил настоятельство и уединился в особую келлию. Шесть лет обителью руководил преподобный Савва Сторожевский (+ 1407, память 3 декабря). В 1400 году он основал свой монастырь под Звенигородом, и братия умолила преподобного Никона снова принять настоятельство. Он согласился, но назначил себе на каждый день известное время для безмолвия, чтобы наедине предстоять Богу. Когда разнесся слух о нашествии на Русскую землю хана Едигея (1408), преподобный Никон усердно молился Богу о сохранении обители. В тонком сне ему явились святители Московские Петр (+ 1326; память 21 декабря) и Алексий (+ 1378; память 12 февраля) с Преподобным Сергием и сказали, чтобы он не скорбел о разорении обители, которая не запустеет, а еще более распространится. Иноки ушли из обители, захватив святыни и келейные вещи, а когда вернулись, то увидели, что их возлюбленное место обращено в пепелище.
Но преподобный Никон не впал в уныние, а подвиг братию на новые труды. Прежде всего был построен деревянный храм во Имя Пресвятой Живоначальной Троицы и освящен в 1411 году в день преставления Преподобного Сергия, 25 сентября. Обитель восстанавливалась, и преподобный Никон предпринял построение каменной церкви над гробом свего духовного отца Преподобного Сергия. Во время копания рвов для фундамента 5 июля 1422 года были обретены нетленные мощи преподобного Сергия. При общей радости святые мощи положили в новую раку и поставили в перенесенную на новое место деревянную церковь (ныне на этом месте храм в честь Сошествия Святого Духа). Новую каменную церковь преподобный Никон воздвиг во Имя споспешествовавшего ему в этом в Троице славимого Бога, в память и похвалу духовному отцу своему, святые мощи которого он перенес в новосозданный храм. Для украшения храма преподобный Никон пригласил лучших иконописцев, преподобных иноков Андрея (Рублева) и Даниила (Черного) .
Тогда преподобный Андрей и написал икону Живоначальной и Пресвятой Троицы, воплотив в ней то, что было открыто Преподобному Сергию. До конца жизни заботился преподобный Никон об устроении Троицкой церкви. В предсмертном видении ему было показано место будущего упокоения вместе с Преподобным Сергием. Он призвал братию и дал ей наставления. Причастившись Пречистого Тела Христова и Честной Крови Его, преподобный Никон дал братии последнее благословение и сказал: "Пойди, душе моя, туда, где тебе уготовано пребывать, пойди с радостию: Христос зовет тебя". Осенив себя крестным знамением, преподобный Никон скончался 17 ноября 1426 года. Он был погребен близ раки Преподобного Сергия. При святителе Ионе (1448 - 1461) иеромонах Пахомий Логофет написал службу и житие преподобного Никона, а в 1547 году ему было установлено повсеместное празднование. В 1548 году над гробом преподобного Никона была построена церковь его имени, а в 1623 году на ее месте устроена новая, в которой и почивают под спудом святые мощи преподобного Никона. В 1976 году в Троице-Сергиевой Лавре торжественно отмечалось 550-летие преставления преподобного Никона.
