Согласно распоряжению от 28 октября 2015 года №2179-р, с учётом реорганизации государственных академий наук и учреждения Российского научного фонда изменения вносятся в содержание и состав исполнителей мероприятий программы.

Программа фундаментальных научных исследований в Российской Федерации на долгосрочный период (2013–2020 годы), утвержденная распоряжением Правительства от 27 декабря 2012 года №2538-р, распространяется на поисковые научные исследования. Документом устанавливается, что приоритетные направления развития фундаментальных наук, а также направления поисковых научных исследований формируются координационным советом на основании предложений Российской академии наук. При этом должны учитываться предварительное обсуждение с научным сообществом и рассмотрение в Совете при Президенте России по науке и образованию с учетом системы технологического прогнозирования, конкурентных преимуществ в различных областях науки, перспективных задач социально-экономического развития, в том числе отдельных субъектов Федерации, и обеспечения национальной безопасности.

Как отмечается на сайте кабинета министров, данные решения направлены на обеспечение деятельности научных организаций, подведомственных ФАНО России, и приведение актов Правительства России в соответствие с принятыми федеральными законами.