С 1391 го­да пре­по­доб­ный Ме­фо­дий стал игу­ме­ном сво­е­го мо­на­сты­ря. По­се­лив­ши­еся здесь ино­ки ве­ли тру­до­лю­би­вый об­раз жиз­ни, са­ми се­бе до­бы­вая про­пи­та­ние и ис­пол­няя все нуж­ные для оби­те­ли ра­бо­ты, так что эта оби­тель по пре­иму­ще­ству бы­ла оби­те­лью тру­до­лю­бия. Толь­ко ча­стые по­сты и мо­лит­вы раз­но­об­ра­зи­ли жизнь пеш­нош­ских ино­ков. Сам игу­мен по­да­вал бра­тии при­мер во всем и был меж­ду ни­ми пер­вым по по­дви­гам тру­да, мо­лит­вы и по­ста и через это са­мое вос­пи­ты­вал мно­гих бла­го­че­сти­вых ино­ков. Но, стро­гий по от­но­ше­нию к се­бе, прп. Ме­фо­дий был нетре­бо­ва­те­лен и ми­ло­стив к бра­тии, снис­хо­дя к их немо­щам и предо­сте­ре­гая от оши­бок в бу­ду­щем.

По вре­ме­нам пре­по­доб­ный, как лю­би­тель без­мол­вия, уда­лял­ся за две вер­сты от оби­те­ли и здесь уеди­нен­но под­ви­зал­ся в мо­лит­ве. Сю­да же при­хо­дил к нему для ду­хов­ных бе­сед пре­по­доб­ный Сер­гий. По­то­му эта мест­ность на­зва­на бы­ла «Бе­се­да». Пре­по­доб­ный Ме­фо­дий был по­гре­бен († 1392 г.) в ос­но­ван­ной им оби­те­ли. В день пре­став­ле­ния его, как вид­но из со­став­лен­ной в честь его служ­бы, со­бра­лось мно­же­ство на­ро­да – стар­цев, си­рот и вдов – опла­ки­вать кон­чи­ну сво­е­го пи­та­те­ля.

По ру­ко­пис­ным свят­цам, «пре­по­доб­ный Ме­фо­дий, игу­мен Пеш­нош­ской оби­те­ли, уче­ник свя­то­го Сер­гия чу­до­твор­ца, пре­ста­ви­ся в ле­то 6900 (1392), ме­ся­ца июня в 14 день». Прп. Ме­фо­дия убла­жа­ли на Пеш­но­ши как свя­то­го со дня его кон­чи­ны и па­мять его празд­но­ва­ли в оби­те­ли и в окрест­ных се­ле­ни­ях июня 14-го дня. По дру­гим ис­точ­ни­кам, пре­по­доб­ный Ме­фо­дий прес­та­вил­ся ме­ся­ца июня в 4-й день 1392 го­да, а па­мять празд­ну­ет­ся в один день с па­мя­тью свт. Ме­фо­дия, пат­ри­ар­ха Кон­стан­ти­но­поль­ско­го, 14/27 июня. К ли­ку свя­тых прп. Ме­фо­дий при­чис­лен на Мос­ков­ском Со­бо­ре 1549 го­да.