В 1854 году он закончил Семинарию (здесь ему дали фамилию - Невский), и, согласно своему желанию служить делу проповеди Евангелия, поехал в Алтайскую миссию рядовым сотрудником, хотя по блестящим успехам мог бы продолжить обучение в Академии. Образцом миссионерского служения для него стал преподобный архимандрит Макарий (Глухарёв, память 18 мая) основатель Алтайской миссии, о жизни и трудах которого он слышал от очевидцев. Первое время будущий Святитель служил чтецом, преподавал в Катехизаторской школе, сопровождал миссионеров в отдалённые труднодоступные дикие места, изучал алтайский язык.
16 марта 1861 года он принимает монашеский постриг с именем Макария, в честь преподобного Макария Великого. На следующий день его рукополагают в иеродиакона, а 19 марта — в иеромонаха. Теперь начинается его самостоятельное миссионерское служение. Сначала в Чемальском стане, а затем в Чулышмане. Успех проповеди мог быть лишь в том случае, когда народу несли слово Божие на его родном языке. Поэтому отец Макарий в совершенстве овладел алтайским языком и его наречьями. И многие годы он посвящает переводу богослужебных книг на алтайский язык, работая над этим в Санкт-Петербурге и в Казани. В 1875 году отца Макария назначают помощником начальника Алтайской Миссии.
В 1883 году отца Макария возводят в сан епископа Бийского и он становится начальником Алтайской миссии. В этой должности Владыка прослужил восемь лет. За это время число крещёных возросло до 19216 человек (во время основания миссии при преподобном архимандрите Макарии (Глухарёве) число крещёных —675 душ), число приходских храмов — до 49, открыто такое же количество школ и училищ с числом учащихся до 1168 человек.
За 36 лет своего миссионерского служения Владыка Макарий приобрёл всероссийскую известность. В 1891 году его назначают епископом Томским. Владыка Макарий считал, что пастырь должен быть готов «во всякое время износить из сокровищницы души своея для одних утешение, для других — наставление, для третьих — ободрение, а для иных обличение». Он занимался также попечительством: к концу пребывания его на Томской кафедре в Томске было одиннадцать церковно-приходских попечительств, занимавшихся сбором средств для бедных, шесть приютов для детей, ночлежный дом, пять богаделен. За время его служения в епархии было открыто 217 новых приходов, два женских монастыря, 229 церковно-приходских школ, 442 приходских попечительства.
Святитель Макарий предчувствовал грядущие события в России. В одном из своих поучений он говорил: «Мы переживаем смутные времена. Бывали на Руси лихолетия, но тогда было не так худо как теперь. Тогда были все за Бога, все желали знать, что Ему угодно; а теперь не то. Тогда были за Царя. Теперь опять не то. Теперь слышатся голоса хульные на Бога и замыслы против Помазанника Его... В подмётных письмах и листках их мы читаем, что они, как вестники ада, жаждут разрушения, безпорядков... Их желание — всё перевернуть, чтобы голова стала внизу, а ноги наверху; чтобы честный человек ждал милости из рук босяка, которого они хотят сделать раздаятелем награбленного ими...». Владыка предрекал, обличая смутьянов: «Не хотите вы своей Русской власти, так будет же у вас власть иноплеменная».
В Мае 1906 года его возвели в сан архиепископа. А в 1912 году назначили митрополитом Московским и Коломенским и членом Святейшего Синода. В Москве, как и в Томске, Владыка большое внимание уделяет катехизации народа, смело обличает нравственную распущенность современников, выступает против всего, что подтачивает «твердыню Церкви Божией». Священномученик Арсений (Жадановский) (память 14 сентября) в своих воспоминаниях писал: «Гордой столице не понравилось его простое учительство, его строго церковное патриархальное направление. Отшедшие от веры и доброй нравственности люди считали его за отсталого, неинтересного архиерея, а пастыри, ставившие на первое место не спасение пасомых, а свои личные житейские интересы, не находили себе в митрополите поддержки».
Владыка Макарий известен и как добрый восстановитель мира в афонских спорах об Имени Божием (1912 год). Его совесть не могла мириться с теми грубыми методами, какие были применены к русским имяславцам на Афоне — последователям древнего аскетического учения о внутреннем безмолвии (исихазме). И Святитель в 1914 году создал особую Комиссию при Московской Синодальной Конторе, которая определила учение имяславия Православным, не содержащим ереси и, таким образом, несправедливое решение Святейшего Синода относительно афонских старцев было упразднено.
Митрополит Макарий был духовным писателем, имел дар умной сердечной молитвы, был строгий монах и аскет.
В 1917 году, после Февральского переворота в газетах начинается кампания клеветы на Владыку, который остался верен присяге Государю и отказался присягнуть Временному правительству. Его не допустили на Всероссийский собор 1917-18 годов. Святителя принуждают «как несоответствующего духу времени» — под угрозой заключения в Петропавловскую крепость — подать прошение об отставке. Это было явно беззаконное, противоканоническое действие со стороны Временного масонского правительства, так как московские митрополиты, благодаря своему особому статусу, никогда не увольнялись на покой — ни по причине болезни, ни по старости. Кроме того, 82-х летнего старца лишили положенного ему по статусу содержания и права проживания в Троице-Сергиевой Лавре — священноархимандритом которой он был — сослав в Николо-Угрешский монастырь.
Последние годы святой старец, забытый и покинутый почти всеми, находился в параличе, но не потерял способность говорить. Не раз посещал больного Владыку св. Патриарх Тихон, последнее их свидание было в августе 1924 года, оба испросили друг у друга прощение. Священномученик митрополит Пётр, став Патриаршим Местоблюстителем, просил у старца благословения и Владыка с любовью подарил ему свой белый клобук.
Выдающийся Святитель-миссионер, «Апостол Алтая», «Сибирский столп Православия», «живой Русский святой» — так называли его современники — почил 16 февраля 1926 года в посёлке Котельничи Московской области Люберецкого района. В 1957 году его честные нетленные останки были перенесены в Троице-Сергиеву Лавру и захоронены в храме Русских Святых Успенского Собора.
Причислен к лику святых Русской Православной Церкви для общецерковного почитания на Архиерейском Соборе в августе 2000 года. Включен в Собор Московских святых (память в воскресенье перед 26 августа по старому стилю).
