Гонение со стороны латинян на православных принудило братию разойтись. Преподобный Антоний скитался, переходя с места на место, пока не нашел на пустынном берегу моря большой камень, на котором целый год прожил в посте и молитве. Страшная буря, разыгравшаяся 5 сентября 1105 года, сорвала камень, на котором находился преподобный Антоний, и понесла его в море. Под праздник Рождества Пресвятой Богородицы камень остановился в 3 верстах от Новгорода на берегу реки Волхов при селе Волховском. Событие это засвидетельствовано в новгородских летописях. На этом месте преподобный с благословения Новгородского святителя Никиты Затворника († 1109, память 14 мая), основал монастырь в честь Рождества Пресвятой Богородицы.
На другой год рыболовы выловили бочку с наследством преподобного Антония, пущенную в море много лет назад. Указав, что находилось в бочке, преподобный забрал бочку и купил для обители земли.
Духовное подвижничество сочеталось в обители с напряженной трудовой деятельностью. Преподобный Антоний заботился, чтобы из монастырских доходов оказывалась помощь нищим, сиротам и вдовам. В 1117 году преподобный начал каменное строительство в монастыре. До наших дней сохранился собор в честь Рождества Пресвятой Богородицы, построенный при жизни преподобного в 1117–1119 г.г. известным новгородским зодчим Петром, с фресковыми росписями 1125 года. В 1131 году святитель Нифонт Новгородский поставил преподобного Антония игуменом монастыря. Скончался святой Антоний 3 августа 1147 года, имея 79 лет от рождения, и был погребен святителем Нифонтом.
Мощи его обретены 1 июля 1597 года нетленными и положены в окованную серебром раку. С того времени был учрежден в память его крестный ход из Софийского собора, в первую пятницу после Петрова дня. При раке преподобного находилась ветвь осоки, с которой Антоний приплыл из Рима, держа ее в руке. Так он изображается и на иконах. До 30-х годов XX века мощи преподобного Антония почивали в соборной монастырской церкви Рождества Пресвятой Богородицы, в приделе его имени. В настоящее время их судьба неизвестна.
Прославлен преподобный Антоний в 1597 году. Память его отмечается также (в честь обретения мощей) в первую пятницу после празднования первоверховным апостолам Петру и Павлу (29 июня) и 17 января – в день тезоименитства, когда празднуется память преподобного Антония Великого. Первоначальное житие преподобного Антония Римлянина было написано вскоре после его кончины учеником и преемником по игуменству священноиноком Андреем, а обработка жития, сказание об обретении мощей и похвальное слово – пострижеником Антониева монастыря, иноком Нифонтом, в 1598 году (издано в "Православном собеседнике", Казань, 1858, май–июнь). Сохранились духовная и купчая грамоты преподобного Антония, изданные неоднократно. (Последние публикации: Грамоты Великого Новгорода и Пскова. М.–Л., 1949, с. 159–161, N 102, 103; Янин В.Л. Очерки комплексного источниковедения. Средневековый Новгород. М., 1977, с. 58–59).
