Вско­ре мо­ло­дой инок пе­ре­шел в Пан­то­кра­тор­ский скит, в по­слу­ша­ние к стар­цу Ар­се­нию Пе­ло­по­нес­су, под ру­ко­вод­ством ко­то­ро­го рев­ност­но изу­чал Свя­щен­ное Пи­са­ние и тво­ре­ния свя­тых от­цов. В 1783 го­ду пре­по­доб­ный Ни­ко­дим при­нял схи­му и шесть лет пре­бы­вал в со­вер­шен­ном без­мол­вии. Ко­гда на Афон вновь при­был мит­ро­по­лит Ко­ринф­ский Ма­ка­рий, он воз­ло­жил на пре­по­доб­но­го Ни­ко­ди­ма но­вое по­слу­ша­ние – ре­дак­ти­ро­ва­ние тво­ре­ний пре­по­доб­но­го Си­мео­на Но­во­го Бо­го­сло­ва. Пре­по­доб­ный Ни­ко­дим оста­вил по­двиг мол­чаль­ни­че­ства и опять за­нял­ся ли­те­ра­тур­ной ра­бо­той. С то­го вре­ме­ни до са­мой сво­ей кон­чи­ны он про­дол­жал рев­ност­но тру­дить­ся на этом по­при­ще.

Неза­дол­го до сво­ей кон­чи­ны пре­по­доб­ный Ни­ко­дим, утом­лен­ный книж­ны­ми тру­да­ми и ас­ке­ти­че­ски­ми по­дви­га­ми, пе­ре­шел на жи­тель­ство к иеро­мо­на­хам ико­но­пис­цам Сте­фа­ну и Нео­фи­ту Скур­те­ям (Ку­цо­вла­хам). Он упро­сил их за­нять­ся из­да­ни­ем сво­их тру­дов, че­го не мог уже сде­лать сам из-за бо­лез­нен­но­го со­сто­я­ния. Здесь, у Скур­те­ев, 1 июля 1809 го­да пре­по­доб­ный Ни­ко­дим мир­но ото­шел ко Гос­по­ду.

По сви­де­тель­ству совре­мен­ни­ков, пре­по­доб­ный Ни­ко­дим был прост, незло­бив, нес­тя­жа­те­лен и от­ли­чал­ся глу­бо­кой со­сре­до­то­чен­но­стью. Он об­ла­дал за­ме­ча­тель­ной па­мя­тью: Свя­щен­ное Пи­са­ние знал на­изусть, пом­ня да­же гла­вы, сти­хи и стра­ни­цы, мог на па­мять ци­ти­ро­вать очень мно­гое из тво­ре­ний свя­тых от­цов.

Ли­те­ра­тур­ные тру­ды стар­ца Ни­ко­ди­ма раз­но­об­раз­ны. Им на­пи­са­ны пре­ди­сло­вие к «Доб­ро­то­лю­бию» и крат­кие жи­тия по­движ­ни­ков. Из ас­ке­ти­че­ских на­став­ле­ний по­движ­ни­ка осо­бен­но из­вест­на кни­га «Неви­ди­мая брань», пе­ре­ве­ден­ная на рус­ский язык ве­ли­ким бо­го­сло­вом-ас­ке­том, епи­ско­пом Фе­о­фа­ном За­твор­ни­ком (М., 1886; изд. 5. М., 1912). За­ме­ча­те­лен труд по­движ­ни­ка «Уче­ние об ис­по­ве­ди» (Ве­не­ция, 1804, 1818), за­кан­чи­ва­ю­щий­ся про­ник­но­вен­ным «Сло­вом о по­ка­я­нии». Ин­те­рес­на кни­га пре­по­доб­но­го «Бла­го­нра­вие хри­сти­ан», из­дан­ная в Ве­не­ции в 1803 го­ду. Ве­ли­ки за­слу­ги свя­то­го и в об­ла­сти из­да­ния бо­го­слу­жеб­ных книг. В 1796 го­ду он опуб­ли­ко­вал из­вле­чен­ные из Афон­ских ру­ко­пис­ных со­бра­ний 62 ка­но­на Пре­свя­той Бо­го­ро­ди­це под на­зва­ни­ем «Ве­нец Прис­но­де­вы» (Ве­не­ция, 1796, 1846).

Пре­по­доб­ный Ни­ко­дим под­го­то­вил из­да­ние но­вой ре­дак­ции «Пи­да­ли­о­на» – гре­че­ской «Корм­чей кни­ги», со­дер­жа­щей пра­ви­ла свя­тых апо­сто­лов, свя­тых Все­лен­ских и По­мест­ных Со­бо­ров и свя­тых от­цов.

Боль­шое вни­ма­ние пре­по­доб­ный уде­лял агио­гра­фии, о чем сви­де­тель­ству­ют та­кие его тру­ды, как «Но­вый из­бор жи­тий свя­тых» (Ве­не­ция, 1803) и из­дан­ная уже по­сле его кон­чи­ны кни­га «Но­вый Си­нак­сарь» в 3-х то­мах (Ве­не­ция, 1819). Им осу­ществ­лен пе­ре­вод с древ­не­гре­че­ско­го на но­во­гре­че­ский язык «Тол­ко­ва­ния По­сла­ний свя­то­го апо­сто­ла Пав­ла» ар­хи­епи­ско­па Бол­гар­ско­го Фе­о­фи­лак­та. Сам свя­той Ни­ко­дим на­пи­сал тол­ко­ва­ние се­ми Со­бор­ных По­сла­ний (из­да­но так­же в Ве­не­ции в 1806 и 1819 гг.).

Пре­по­доб­ный Ни­ко­дим из­ве­стен и как тво­рец и тол­ко­ва­тель свя­щен­ных пес­но­пе­ний. Им со­став­ле­ны (при­ня­тые в Рус­ской Церк­ви) ка­нон в честь ико­ны Бо­жи­ей Ма­те­ри Ско­ро­по­слуш­ни­цы, а так­же «Служ­ба Пре­по­доб­ным и Бо­го­нос­ным от­цем, во Афоне пост­ни­че­ски про­си­яв­шим» («Пра­во­слав­ный цер­ков­ный ка­лен­дарь на 1976 г.», с. 61), «Еор­то­дро­ми­он или изъ­яс­не­ние пе­сен­ных ка­но­нов, ко­то­рые по­ют­ся на­ка­нуне Гос­под­ских и Бо­го­ро­дич­ных празд­ни­ков» (Ве­не­ция, 1836), «Но­вая Ле­стви­ца, или тол­ко­ва­ние 75-ти сте­пен­ных пес­ней Ок­то­и­ха» (Кон­стан­ти­но­поль, 1844).