В 1320 го­ду он всту­пил в Мос­ков­ский Бо­го­яв­лен­ский мо­на­стырь, где про­вел бо­лее два­дца­ти лет в стро­гих ино­че­ских по­дви­гах. Ру­ко­во­ди­те­ля­ми его и дру­зья­ми бы­ли за­ме­ча­тель­ные по­движ­ни­ки этой оби­те­ли – ста­рец Ге­рон­тий и Сте­фан, брат пре­по­доб­но­го Сер­гия Ра­до­неж­ско­го. За­тем мит­ро­по­лит Фе­о­гност по­ве­лел бу­ду­ще­му свя­ти­те­лю оста­вить мо­на­стырь и за­ве­до­вать су­деб­ны­ми де­ла­ми Церк­ви. Эту долж­ность свя­той ис­пол­нял 12 лет со зва­ни­ем мит­ро­по­ли­чье­го на­мест­ни­ка. В кон­це 1350 го­да вла­ды­ка Фе­о­гност по­свя­тил Алек­сия во епи­ско­па Вла­ди­мир­ско­го, а по смер­ти мит­ро­по­ли­та он стал его пре­ем­ни­ком в 1354 го­ду. В то вре­мя Рус­ская Цер­ковь раз­ди­ра­е­ма бы­ла ве­ли­ки­ми нестро­е­ни­я­ми и рас­пря­ми, в част­но­сти, из-за пре­тен­зий мит­ро­по­ли­та Лит­вы и Во­лы­ни Ро­ма­на. В 1356 го­ду, чтобы по­ло­жить ко­нец сму­там и тре­во­гам, свя­ти­тель от­пра­вил­ся в Кон­стан­ти­но­поль к Все­лен­ско­му пат­ри­ар­ху. Пат­ри­арх Кал­лист дал Алек­сию пра­во счи­тать­ся ар­хи­епи­ско­пом Ки­е­ва и Ве­ли­кой Рос­сии с ти­ту­лом «все­чест­на­го мит­ро­по­ли­та и эк­зар­ха». На об­рат­ном пу­ти во вре­мя бу­ри на мо­ре ко­раб­лю гро­зи­ла ги­бель. Алек­сий мо­лил­ся и дал обет по­стро­ить храм свя­то­му то­го дня, в ко­то­рый ко­рабль при­станет к бе­ре­гу. Бу­ря утих­ла, ко­рабль при­стал 16 ав­гу­ста. Вос­тор­жен­но встре­ти­ла свя­ти­те­ля Москва.

Несмот­ря на все сму­ты, свя­ти­тель Алек­сий вся­че­ски за­бо­тил­ся о сво­ей пастве – ста­вил епи­ско­пов, устра­и­вал об­ще­жи­тель­ные мо­на­сты­ри (по об­раз­цу Тро­иц­ко­го, ос­но­ван­но­го пре­по­доб­ным Сер­ги­ем), на­ла­жи­вал от­но­ше­ния с ор­дын­ски­ми ха­на­ми. Не раз свя­то­му и са­мо­му при­хо­ди­лось пу­те­ше­ство­вать в Зо­ло­тую Ор­ду. В 1357 го­ду хан по­тре­бо­вал у ве­ли­ко­го кня­зя, чтобы свя­ти­тель при­был к нему и ис­це­лил сле­пую Тай­ду­лу – его су­пру­гу. «Про­ше­ние и де­ло пре­вы­ша­ет ме­ру сил мо­их, – ска­зал свя­той Алек­сий, – но я ве­рю То­му, Ко­то­рый дал про­зреть сле­по­му, – не пре­зрит Он мо­лит­вы ве­ры». И дей­стви­тель­но, по его мо­лит­ве, окроп­лен­ная свя­той во­дой, су­пру­га ха­на ис­це­ли­лась.

Ко­гда скон­чал­ся ве­ли­кий князь Иоанн, свя­ти­тель взял под свою опе­ку ма­ло­лет­не­го его сы­на Ди­мит­рия (бу­ду­ще­го Дон­ско­го). Мно­го при­шлось свя­то­му вла­ды­ке по­тру­дить­ся, дабы при­ми­рять и сми­рять строп­ти­вых кня­зей, не же­лав­ших при­зна­вать власть Моск­вы. Вме­сте с тем не остав­лял мит­ро­по­лит и тру­дов по устрой­ству но­вых оби­те­лей. Им ос­но­ва­ны в 1361 го­ду Спа­са Неру­ко­тво­рен­но­го Об­ра­за мо­на­стырь на Яу­зе в Москве (Ан­д­ро­ни­ков, по име­ни уче­ни­ка пре­по­доб­но­го Сер­гия, пер­во­го игу­ме­на мо­на­сты­ря) по обе­ту, ко­то­рый он дал, ко­гда ко­рабль во вре­мя его по­езд­ки в Кон­стан­ти­но­поль тер­пел бед­ствие; Чу­дов – в Мос­ков­ском Крем­ле, вос­ста­нов­ле­ны и две древ­ние оби­те­ли – Бла­го­ве­щен­ская в Ниж­нем Нов­го­ро­де и Кон­стан­ти­но-Еле­нин­ская во Вла­ди­ми­ре. В 1361 го­ду так­же бы­ла по­стро­е­на жен­ская об­ще­жи­тель­ная оби­тель его име­ни (Алек­се­ев­ская).

Свя­ти­тель Алек­сий до­стиг глу­бо­кой ста­ро­сти – 78 лет, про­быв на мит­ро­по­ли­чьей ка­фед­ре 24 го­да. По­чил он 12 фев­ра­ля 1378 го­да и по­гре­бен по за­ве­ща­нию в Чу­до­вом мо­на­сты­ре. Мо­щи его бы­ли об­ре­те­ны через 50 лет чу­дес­ным об­ра­зом, по­сле че­го ста­ли чтить па­мять ве­ли­ко­го свя­ти­те­ля и мо­лит­вен­ни­ка за Рус­скую зем­лю