По окон­ча­нии Ака­де­мии Иоанн Ко­чу­ров в со­от­вет­ствии с его дав­ним же­ла­ни­ем был на­прав­лен на мис­си­о­нер­ское слу­же­ние в Але­ут­скую и Аляс­кин­скую епар­хию. В Аме­ри­ке он был ру­ко­по­ло­жен в свя­щен­ни­че­ский сан и на­зна­чен на­сто­я­те­лем церк­ви свя­то­го Вла­ди­ми­ра в го­ро­де Чи­ка­го.

Пер­вое вре­мя сво­е­го пре­бы­ва­ния в Со­еди­нен­ных Шта­тах отец Иоанн жил в Нью-Йор­ке, здесь он осва­и­вал ан­глий­ский язык и вхо­дил в со­при­кос­но­ве­ние с непри­выч­ной жиз­нью про­те­стант­ской Аме­ри­ки. Але­ут­ская и Аляс­кин­ская епар­хия в раз­лич­ных рай­о­нах стра­ны име­ла со­вер­шен­но раз­ные усло­вия су­ще­ство­ва­ния. Ес­ли в Се­вер­ной Ка­ли­фор­нии, на Але­ут­ских ост­ро­вах и Аляс­ке пра­во­слав­ные при­хо­ды име­ли дав­нюю ис­то­рию и бы­ли до­воль­но мно­го­чис­лен­ны, то в боль­шин­стве осталь­ных рай­о­нов стра­ны пра­во­слав­ная цер­ков­ная жизнь еще толь­ко за­рож­да­лась, и тре­бо­ва­лись огром­ные мис­си­о­нер­ские уси­лия, чтобы со­здать пол­но­цен­ные пра­во­слав­ные при­хо­ды.
В 1898 го­ду отец Иоанн дал вы­ра­зи­тель­ную ха­рак­те­ри­сти­ку сво­их при­хо­жан: «Пра­во­слав­ный при­ход Вла­ди­мир­ской Чи­каг­ской церк­ви со­сто­ит из немно­гих ко­рен­ных рус­ских вы­ход­цев, из га­лиц­ких и угор­ских сла­вян, ара­бов, бол­гар и ара­ви­тян. Боль­шин­ство при­хо­жан – ра­бо­чий на­род, снис­ки­ва­ю­щий се­бе про­пи­та­ние тя­же­лым тру­дом по ме­сту жи­тель­ства на окра­и­нах го­ро­да. К чи­каг­ско­му при­хо­ду при­пи­са­на цер­ковь Трех Свя­ти­те­лей и при­ход го­ро­да Стри­то­ра. Стри­тор и при нем ме­стеч­ко Кенгли на­хо­дят­ся в 94 ми­лях от Чи­ка­го и из­вест­ны сво­и­ми ка­мен­но­уголь­ны­ми ко­пя­ми. Пра­во­слав­ный при­ход там со­сто­ит из ра­бо­та­ю­щих на ко­пях сло­ва­ков, об­ра­щен­ных из уни­а­тов».

Уже в пер­вые три го­да сво­е­го при­ход­ско­го слу­же­ния от­цом Иоан­ном бы­ли при­со­еди­не­ны к пра­во­слав­ной церк­ви 86 уни­а­тов и 5 ка­то­ли­ков, а чис­ло по­сто­ян­ных при­хо­жан воз­рос­ло до 215 че­ло­век в Чи­ка­го и 88 че­ло­век в Стри­то­ре. При обо­их хра­мах ра­бо­та­ли дет­ские цер­ков­ные шко­лы.
Отец Иоанн ор­га­ни­зо­вал в Чи­ка­го Свя­то-Ни­коль­ское и Трех-Свя­ти­тель­ское брат­ства, це­лью ко­то­рых бы­ла со­ци­аль­ная и ма­те­ри­аль­ная вза­и­мо­по­мощь сре­ди при­хо­жан. Для этой же це­ли бы­ло ор­га­ни­зо­ва­но Пра­во­слав­ное об­ще­ство вза­и­мо­по­мо­щи, пред­се­да­те­лем ко­то­ро­го епи­скоп Але­ут­ский и Аляс­кин­ский Ти­хон (Бе­ла­вин) на­зна­чил от­ца Иоан­на Ко­чу­ро­ва.

Ко­гда отец Иоанн при­был в Аме­ри­ку, пра­во­слав­ный храм свя­то­го Вла­ди­ми­ра в го­ро­де Чи­ка­го за­ни­мал неболь­шую часть арен­до­ван­но­го зда­ния. Вер­нее, арен­до­ва­но бы­ло не все зда­ние, а толь­ко часть – на пер­вом эта­же был устро­ен храм, там же, за сте­ной – кух­ня и ком­на­та при­слу­ги. На вто­ром эта­же бы­ло сня­то несколь­ко неболь­ших ком­нат, в ко­то­рых про­жи­ва­ли се­мья от­ца Иоан­на, а так­же штат­ный пса­лом­щик. В Стри­то­ре храм Трех Свя­ти­те­лей рас­по­ла­гал­ся в по­ме­ще­нии ве­сти­бю­ля рус­ско­го от­де­ла Все­мир­ной Чи­каг­ской вы­став­ки.

Отец Иоанн Ко­чу­ров ре­шил стро­ить в Чи­ка­го со­бор. Это бы­ло по­ис­ти­не рис­ко­ван­ное ре­ше­ние – в чу­жой, да­ле­кой стране, с бед­ным и ма­ло­чис­лен­ным при­хо­дом ре­шить­ся на та­кое от­вет­ствен­ное и до­ро­го­сто­я­щее пред­при­я­тие. Воз­ве­де­ние но­во­го хра­ма бла­го­сло­вил свя­ти­тель Ти­хон, бу­ду­щий рос­сий­ский пат­ри­арх. В 1900 го­ду отец Иоанн взял един­ствен­ный за мно­го­лет­ний срок слу­же­ния в Аме­ри­ке от­пуск и от­пра­вил­ся в Рос­сию, где за 4 ме­ся­ца со­брал день­ги на по­строй­ку со­бо­ра. Вер­нув­шись в Чи­ка­го, отец Иоанн на­чал ру­ко­во­дить стро­и­тель­ством, а уже в 1903 го­ду воз­ве­де­ние хра­ма в честь Пре­свя­той Тро­и­цы в го­ро­де Чи­ка­го бы­ло за­вер­ше­но. Освя­ще­ние со­бо­ра со­вер­шал свя­ти­тель Ти­хон (Бе­ла­вин).

Два го­да спу­стя, ко­гда в Се­ве­ро­аме­ри­кан­ской епар­хии празд­но­ва­лось 10-ле­тие пас­тыр­ско­го слу­же­ния от­ца Иоан­на Ко­чу­ро­ва, он по­лу­чил от епар­хии при­вет­ствен­ный адрес, в ко­то­ром опи­сы­ва­лись по­не­сен­ные от­цом Иоан­ном тру­ды на бла­го Церк­ви. Ру­ко­твор­ным па­мят­ни­ком этим тру­дам на­зы­вал­ся Тро­иц­кий со­бор в Чи­ка­го, а неру­ко­твор­ным – серд­ца при­хо­жан.

В 1906 го­ду отец Иоанн Ко­чу­ров был воз­ве­ден в сан про­то­и­е­рея и на­зна­чен на долж­ность бла­го­чин­но­го Нью-Йорк­ско­го окру­га. Он стал од­ним из наи­бо­лее ак­тив­ных участ­ни­ков пер­во­го со­бо­ра Се­ве­ро­аме­ри­кан­ской Пра­во­слав­ной Церк­ви, про­хо­див­ше­го в го­ро­де Май­фил­де.

Вско­ре отец Иоанн по сво­е­му про­ше­нию по­лу­чил уволь­не­ние от служ­бы в Але­ут­ской и Се­ве­ро­аме­ри­кан­ской епар­хии и в июле 1907 го­да вер­нул­ся в Рос­сию. При­чи­ной для это­го ста­ли на­сто­я­тель­ные прось­бы его тя­же­ло боль­но­го те­стя – свя­щен­но­слу­жи­те­ля Санкт-Пе­тер­бург­ской епар­хии, а так­же же­ла­ние от­ца Иоан­на дать сво­им де­тям об­ра­зо­ва­ние в Рос­сии.

В июле 1907 го­да, по­ки­дая до­ро­гой его серд­цу чи­каг­ский при­ход, в ко­то­ром он был на­сто­я­те­лем и с ко­то­рым бы­ли свя­за­ны 12 лет его мис­си­о­нер­ско-пас­тыр­ско­го слу­же­ния, про­то­и­е­рей Иоанн от­пра­вил­ся в неиз­вест­ность, ожи­дав­шую его на ро­дине. При­быв в Санкт-Пе­тер­бург­скую епар­хию, он был при­пи­сан к кли­ру Пре­об­ра­жен­ско­го со­бо­ра го­ро­да Нар­вы в ка­че­стве сверх­штат­но­го свя­щен­ни­ка. Он слу­жил здесь до 1916 го­да, ос­нов­ную часть вре­ме­ни уде­ляя пре­по­да­ва­нию в муж­ской и жен­ской гим­на­зи­ях.

По­сле по­чти 10-лет­не­го слу­же­ния в Нарве, в кон­це 1916 го­да про­то­и­е­рей Иоанн Ко­чу­ров был пе­ре­ве­ден на долж­ность вто­ро­го свя­щен­ни­ка Ека­те­ри­нин­ско­го со­бо­ра в Цар­ском Се­ле.

Ека­те­ри­нин­ский со­бор был круп­ней­шим при­ход­ским хра­мом го­ро­да сре­ди пре­об­ла­дав­ших в нем церк­вей двор­цо­во­го и во­ен­но­го ве­домств. Отец Иоанн при­е­хал в Цар­ское Се­ло с ма­туш­кой и пя­тью детьми (стар­ший сын Вла­ди­мир на­хо­дил­ся в это вре­мя на во­ен­ной служ­бе), на­де­ясь здесь воз­вра­тить­ся к ак­тив­ной пас­тыр­ской де­я­тель­но­сти. Его про­по­ве­ди со­би­ра­ли в Ека­те­ри­нин­ском со­бо­ре мно­же­ство мо­ля­щих­ся со всех кон­цов Цар­ско­го Се­ла.
Через 3 ме­ся­ца по­сле на­зна­че­ния от­ца Иоан­на в Ека­те­ри­нин­ский со­бор про­изо­шла Фев­раль­ская ре­во­лю­ция.

Стре­мясь вы­тес­нить из Цар­ско­го Се­ла на­хо­див­ши­е­ся там ка­за­чьи ча­сти под ко­ман­до­ва­ни­ем ге­не­ра­ла Крас­но­ва, к го­ро­ду из Пет­ро­гра­да дви­ну­лись от­ря­ды мат­ро­сов и сол­дат, под­дер­жав­ших боль­ше­вист­ский пе­ре­во­рот. Утром 30 ок­тяб­ря 1917 го­да, на­хо­дясь на под­сту­пах к Цар­ско­му Се­лу, боль­ше­ви­ки на­ча­ли ар­тил­ле­рий­ский об­стрел. На­ча­лась па­ни­ка, мно­гие го­ро­жане устре­ми­лись в пра­во­слав­ные хра­мы. В Ека­те­ри­нин­ском со­бо­ре был со­вер­шен осо­бый мо­ле­бен о пре­кра­ще­нии меж­до­усоб­ной бра­то­убий­ствен­ной бра­ни. По­сле мо­леб­на со­сто­ял­ся крест­ный ход, на ко­то­ром отец Иоанн про­из­нес про­по­ведь, при­зы­вая на­род к спо­кой­ствию в ви­ду гря­ду­щих ис­пы­та­ний.
Ве­че­ром то­го же дня ка­за­чьи ча­сти по­ки­ну­ли Цар­ское Се­ло, же­лая предот­вра­тить воз­мож­ность кро­во­про­ли­тия сре­ди на­се­ле­ния. И утром 31 ок­тяб­ря, не встре­тив ка­ко­го-ли­бо со­про­тив­ле­ния, в Цар­ское Се­ло всту­пи­ли боль­ше­вист­ские от­ря­ды.

Ека­те­ри­нин­ско­го со­бо­ра бы­ли аре­сто­ва­ны. Отец Иоанн, в от­ли­чие от мно­гих, не мог вос­при­ни­мать это спо­кой­но, он про­те­сто­вал и пы­тал­ся разъ­яс­нить де­ло. Вме­сто разъ­яс­не­ний он по­лу­чил несколь­ко уда­ров по ли­цу, а за­тем тол­па сол­дат с ги­ка­ньем и улю­лю­ка­ньем по­во­лок­ла его по шпа­лам к цар­ско­сель­ско­му аэро­дро­му и там рас­стре­ля­ла на гла­зах его сы­на – гим­на­зи­ста. Смерть му­че­ни­ка не бы­ла мгно­вен­ной... Убий­цы тас­ка­ли его за во­ло­сы, пред­ла­гая друг дру­гу «при­кон­чить как со­ба­ку». Через три дня, не вы­дер­жав по­тря­се­ний, скон­чал­ся и его сын, 17-лет­ний юно­ша.

Ве­че­ром то­го же дня те­ло уби­то­го пас­ты­ря бы­ло до­став­ле­но в ча­сов­ню Двор­цо­во­го гос­пи­та­ля, от­ту­да пе­ре­не­се­но в Ека­те­ри­нин­ский Со­бор, где бы­ло со­вер­ше­но от­пе­ва­ние. Отец Иоанн стал пер­вым свя­щен­но­му­че­ни­ком, по­стра­дав­шим от боль­ше­ви­ков. Свя­тей­ший пат­ри­арх Ти­хон, лич­но знав­ший от­ца Иоан­на, пи­сал его вдо­ве ма­туш­ке Алек­сан­дре Ко­чу­ро­вой: «Хра­ним в серд­це твёр­дое упо­ва­ние, что укра­шен­ный вен­цом му­че­ни­че­ства, по­чив­ший пас­тырь пред­сто­ит ныне Пре­сто­лу Бо­жию в ли­ке из­бран­ни­ков вер­но­го ста­да Хри­сто­ва». По прось­бе при­хо­жан свя­щен­но­му­че­ни­ка по­греб­ли в усы­паль­ни­це под Ека­те­ри­нин­ским со­бо­ром.

Через 5 ме­ся­цев по­сле му­че­ни­че­ской кон­чи­ны от­ца Иоан­на Ко­чу­ро­ва, ко­гда ко­ли­че­ство по­имен­но из­вест­ных Свя­тей­ше­му Си­но­ду уби­ен­ных свя­щен­но­слу­жи­те­лей до­стиг­ло 15 че­ло­век, в хра­ме Мос­ков­ской Ду­хов­ной Се­ми­на­рии свя­тей­шим пат­ри­ар­хом Ти­хо­ном бы­ла со­вер­ше­на пер­вая в ис­то­рии Рус­ской Пра­во­слав­ной Церк­ви 20 ве­ка за­упо­кой­ная ли­тур­гия «по но­вым свя­щен­но­му­че­ни­кам и му­че­ни­кам». Во вре­мя про­из­не­се­ния мо­лит­вен­ных воз­но­ше­ний «Об упо­ко­е­нии ра­бов Бо­жи­их, за ве­ру и Цер­ковь Пра­во­слав­ную уби­ен­ных» вслед за пер­вым уби­ен­ным ар­хи­ере­ем – мит­ро­по­ли­том Вла­ди­ми­ром, по­ми­нал­ся пер­вый уби­ен­ный свя­щен­ник – про­то­и­е­рей Иоанн Ко­чу­ров.