Гонение со стороны латинян на православных принудило братию разойтись. Преподобный Антоний скитался, переходя с места на место, пока не нашел на пустынном берегу моря большой камень, на котором целый год прожил в посте и молитве. Страшная буря, разыгравшаяся 5 сентября 1105 года, сорвала камень, на котором находился преподобный Антоний, и понесла его в море. Под праздник Рождества Пресвятой Богородицы камень остановился в 3 верстах от Hовгоpода на берегу реки Волхов при селе Волховском. Событие это засвидетельствовано в новгородских летописях. На этом месте преподобный, с благословения Новгородского святителя Hикиты (+1109, память 14 мая), основал монастырь в честь Рождества Пресвятой Богородицы.

На другой год рыболовы выловили бочку с наследством преподобного Антония, пущенную в море много лет назад. Указав, что находилось в бочке, преподобный забрал бочку и купил для обители земли.

Духовное подвижничество сочеталось в обители с напряженной трудовой деятельностью. преподобный Антоний заботился, чтобы из монастырских доходов оказывалась помощь нищим, сиротам и вдовам. В 1117 году преподобный начал каменное строительство в монастыре. До наших дней сохранился собор в честь Рождества Пресвятой Богородицы, построенный при жизни преподобного в 1117-1119 г.г. известным новгородским зодчим Петром, с фресковыми росписями 1125 года. В 1131 году святитель Hифонт Hовгоpодский поставил преподобного Антония игуменом монастыря. Скончался святой Антоний 3 августа 1147 года, имея 79 лет от рождения.

Мощи его обретены 1 июля 1597 года нетленными, и положены в окованную серебром раку. С того времени был учрежден в память его крестный ход из Софийского собора, в первую пятницу после Петрова дня. При раке преподобного находилась ветвь осоки, с которой Антоний приплыл из Рима, держа ее в руке. Так он изображается и на иконах. До 30-х годов нашего века мощи преподобного Антония почивали в соборной монастырской церкви Рождества Пресвятой Богородицы, в приделе его имени. В настоящее время их судьба не известна.