Летом 1675 года во время Збаражской войны с турками, в царствование польского короля Яна Собесского (1674-1696), полки, состоящие из татар, под предводительством хана Нурредина, через Вишневец подступили к Почаевской обители, обступив ее с трех сторон. Слабая монастырская ограда, как и несколько каменных зданий обители, не представляла никакой защиты для осаждаемых. Игумен Иосиф Добромирский убедил братию и мирян обратиться к небесным заступникам: Пресвятой Богородице и преподобному Иову Почаевскому (память 28 октября). Иноки и миряне усердно молились, припадая к чудотворному образу Божией Матери и к раке с мощами преподобного Иова. Утром 23 июля с восходом солнца татары держали последний совет о штурме обители, игумен же велел петь акафист Божией Матери. С первыми словами "Взбранной Воеводе" над храмом внезапно явилась Сама Пречистая Богородица, "омофор белоблистящийся распуская", с небесными ангелами, держащими обнаженные мечи. Преподобный Иов находился близ Божией Матери, кланяясь Ей и молясь о защите обители. Татары приняли небесное воинство за привидение, в смятении стали стрелять в Пресвятую Богородицу и преподобного Иова, но стрелы возвращались назад и ранили тех, кто их пускал. Ужас охватил неприятеля. В паническом бегстве, не разбирая своих, они убивали друг друга. Защитники монастыря устремились в погоню и захватили многих в плен. Некоторые пленные впоследствии приняли христианскую веру и остались в обители навсегда.
В 1721 году Почаев был занят униатами. Однако и в это трудное для Лавры время монастырская летопись зафиксировала 539 чудотворений от прославленной православной святыни. Во время господства униатов, во второй половине ХVIII века, например, граф-униат Николай Потоцкий стал благотворителем Почаевской Лавры по следующему чудесному обстоятельству. Обвинив своего кучера в том, что взбесившиеся лошади перевернули коляску, граф достал пистолет, чтобы убить его. Кучер, обратясь к Почаевской горе, поднял руки вверх и воскликнул: "Матерь Божия, явленная в иконе Почаевской, спаси меня!" Потоцкий несколько раз пытался выстрелить из пистолета, никогда ему не изменявшего, но оружие делало осечку. Кучер остался жив. Потоцкий немедленно отправился к чудотворной иконе и решил себя и все свое имущество посвятить на устроение обители. На его средства построены Успенский собор и братский корпус.
Возвращение Почаева в лоно Православия в 1832 году было ознаменовано чудесным исцелением слепой девочки Анны Акимчуковой, пришедшей на поклонение святыням с семидесятилетней бабушкой за 200 верст из Кременец-Подольска. В память этих событий архиепископ Волынский священноархимандрит Лавры Иннокентий (1832-1840) установил еженедельное, по субботам, чтение соборного акафиста перед чудотворной иконой. Во время управления Лаврой священноархимандритом Агафангелом, архиепископом Волынским (1866-1876) был устроен особый придел на хорах Свято-Троицкой церкви в память победы над татарами, освященный 23 июля 1875 года.
