Раз­де­лил бу­ду­щий пат­ри­арх в пол­ной ме­ре и скорбь сво­е­го Оте­че­ства по по­во­ду про­из­во­ла Поль­ши, ко­то­рая, за­хва­тив часть ис­кон­но рус­ских зе­мель, пре­сле­до­ва­ла там пра­во­сла­вие, стре­мясь на­са­дить цер­ков­ную унию под на­ча­лом Ри­ма. Эти ис­то­ри­че­ские со­бы­тия ока­за­ли глу­бо­кое вли­я­ние на Гер­мо­ге­на, под­го­то­ви­ли его на слу­же­ние Церк­ви и Оте­че­ству.

Слу­же­ние бу­ду­ще­го пат­ри­ар­ха Церк­ви Хри­сто­вой на­ча­лось в Ка­за­ни про­стым при­ход­ским свя­щен­ни­ком при го­сти­но­двор­ской церк­ви во имя свя­ти­те­ля Ни­ко­лая. По от­зы­вам совре­мен­ни­ков, свя­щен­ник Ер­мо­лай уже то­гда был «муж зе­ло пре­муд­ро­стью укра­шен­ный, в книж­ном уче­нии изящ­ный и в чи­сто­те жи­тия из­вест­ный». В 1579 го­ду он, уже бу­дучи пре­сви­те­ром, стал сви­де­те­лем чу­дес­но­го яв­ле­ния Ка­зан­ской ико­ны Бо­жи­ей Ма­те­ри. Бог су­дил ему пер­во­му «взять от зем­ли» бес­цен­ный об­раз, по­ка­зать его со­брав­ше­му­ся на­ро­ду и за­тем тор­же­ствен­но, с крест­ным хо­дом, пе­ре­не­сти в со­сед­ний Ни­коль­ский храм.

Вско­ре свя­щен­ник Ер­мо­лай при­нял ино­че­ский по­стриг с на­ре­че­ни­ем име­ни Гер­мо­ген. По всей ве­ро­ят­но­сти, по­стри­же­ние про­ис­хо­ди­ло в Чу­до­вом мо­на­сты­ре, ко­то­рый был на­зван им впо­след­ствии обет­ным. В 1587 го­ду он был на­зна­чен ар­хи­манд­ри­том Ка­зан­ско­го Спа­со-Пре­об­ра­жен­ско­го мо­на­сты­ря. 13 мая 1589 го­да вла­ды­ка Гер­мо­ген был хи­ро­то­ни­сан во епи­ско­па, и в том же го­ду но­во­из­бран­ный пат­ри­арх Иов воз­вел его в сан мит­ро­по­ли­та Ка­зан­ско­го и Аст­ра­хан­ско­го. На этой ка­фед­ре свя­ти­тель Гер­мо­ген про­во­дил ши­ро­кую, пло­до­твор­ную мис­си­о­нер­скую ра­бо­ту сре­ди языч­ни­ков и му­суль­ман (та­тар), при­во­дя их к пра­во­слав­ной ве­ре.

В 1592 го­ду при свя­ти­те­ле Гер­мо­гене бы­ли пе­ре­не­се­ны из Моск­вы в Сви­яжск мо­щи Ка­зан­ско­го свя­ти­те­ля Гер­ма­на. В 1594 го­ду мит­ро­по­лит Гер­мо­ген со­ста­вил служ­бу Бо­жи­ей Ма­те­ри в честь ико­ны Ее Ка­зан­ской, а так­же «Ска­за­ние о яв­ле­нии Ка­зан­ской ико­ны Бо­жи­ей Ма­те­ри и со­вер­шив­ших­ся от нее чу­дес­ных ис­це­ле­ни­ях». Его тро­парь «За­ступ­ни­це Усерд­ная» про­ник­нут ис­тин­ным вдох­но­ве­ни­ем и глу­бо­ким мо­лит­вен­ным чув­ством. В 1595 го­ду при непо­сред­ствен­ном уча­стии свя­ти­те­ля Гер­мо­ге­на со­вер­ши­лось об­ре­те­ние и от­кры­тие мо­щей ка­зан­ских чу­до­твор­цев: свя­ти­те­лей Гу­рия, пер­во­го ар­хи­епи­ско­па Ка­зан­ско­го (па­мять 4/17 ок­тяб­ря, 5/18 де­каб­ря, 20 июня/3 июля), и Вар­со­но­фия, епи­ско­па Твер­ско­го (па­мять 4/17 ок­тяб­ря, 11/24 ап­ре­ля), жиз­не­опи­са­ния ко­то­рых он впо­след­ствии со­здал. По хо­да­тай­ству свя­ти­те­ля Гер­мо­ге­на бы­ла уста­нов­ле­на по­ми­наль­ная суб­бо­та по­сле По­кро­ва Бо­го­ро­ди­цы для по­ми­но­ве­ния всех во­и­нов, пав­ших при взя­тии Ка­за­ни, и всех мест­ных стра­даль­цев за ве­ру хри­сти­ан­скую.

3 июля 1606 го­да в Москве Со­бо­ром рус­ских иерар­хов свя­ти­тель Гер­мо­ген был по­став­лен пат­ри­ар­хом Мос­ков­ским и всея Ру­си. В это вре­мя ему бы­ло бо­лее 70 лет.

Пат­ри­ар­ше­ство свя­ти­те­ля Гер­мо­ге­на сов­па­ло с труд­ной по­рой Смут­но­го вре­ме­ни. С осо­бен­ным вдох­но­ве­ни­ем про­ти­во­сто­ял свя­тей­ший пат­ри­арх из­мен­ни­кам и вра­гам Оте­че­ства, же­лав­шим по­ра­бо­тить рус­ский на­род, вве­сти в Рос­сии уни­ат­ство и ка­то­ли­че­ство и ис­ко­ре­нить пра­во­сла­вие. Ко­гда Лже­д­мит­рий II в июне 1608 го­да по­до­шел к Москве и оста­но­вил­ся в Ту­ши­но, пат­ри­арх Гер­мо­ген об­ра­тил­ся к мя­теж­ни­кам и из­мен­ни­кам с дву­мя по­сла­ни­я­ми, в ко­то­рых об­ли­чал их и уве­ще­вал: «Вспом­ни­те, на ко­го вы под­ни­ма­е­те ору­жие: не на Бо­га ли, со­тво­рив­ше­го вас? Не на сво­их ли бра­тьев? Не свое ли Оте­че­ство разо­ря­е­те? За­кли­наю вас име­нем Бо­га, от­стань­те от сво­е­го на­чи­на­ния, по­ка есть вре­мя, чтобы не по­гиб­нуть вам до кон­ца ... Бо­га ра­ди, по­знай­те се­бя и об­ра­ти­тесь, об­ра­дуй­те сво­их ро­ди­те­лей, сво­их жен и чад, и всех нас; и мы ста­нем мо­лить за вас Бо­га...».

Тем вре­ме­нем в Москве на­чал­ся го­лод. Пер­во­свя­ти­тель по­ве­лел ке­ла­рю Cepги­е­вой оби­те­ли Ав­ра­амию Па­ли­цы­ну от­крыть для го­ло­да­ю­щих мо­на­стыр­ские жит­ни­цы с хле­бом.

Пат­ри­арх Гер­мо­ген вдох­но­вил ино­ков Тро­и­це-Сер­ги­е­вой Лав­ры на caмо­от­вер­жен­ную ге­ро­и­че­скую обо­ро­ну оби­те­ли от поль­ско-ли­тов­ских ин­тер­вен­тов. Их мно­го­ты­сяч­ный от­ряд оса­дил Лав­ру в сен­тяб­ре 1608 го­да. Же­сто­кая оса­да дли­лась 16 ме­ся­цев, но без­успеш­но: в ян­ва­ре 1610 го­да ин­тер­вен­ты с по­зо­ром от­сту­пи­ли. В это вре­мя пат­ри­арх Гер­мо­ген про­дол­жал рас­сы­лать свои по­сла­ния, в ко­то­рых убеж­дал на­род в том, что Лже­ди­мит­рий II – са­мо­зва­нец, при­зы­вал под­нять­ся на за­щи­ту ве­ры и Оте­че­ства.

В 1610 го­ду са­мо­зва­нец, про­зван­ный «ту­шин­ским во­ром», был убит сво­и­ми при­бли­жен­ны­ми. К это­му вре­ме­ни по­сле бо­яр­ско­го за­го­во­ра и свер­же­ния ца­ря Ва­си­лия Шуй­ско­го (в июле 1610 го­да) Москва бы­ла за­ня­та поль­ски­ми вой­ска­ми. Боль­шин­ство бо­яр же­ла­ло ви­деть на рус­ском пре­сто­ле поль­ско­го ко­роле­ви­ча Вла­ди­сла­ва, сы­на Си­гиз­мун­да III. Это­му ре­ши­тель­но вос­про­ти­вил­ся пат­ри­арх Гер­мо­ген, со­вер­шав­ший в хра­мах осо­бые мо­леб­ны об из­бра­нии на цар­ский пре­стол «от кро­вей рос­сий­ско­го ро­да». На тре­бо­ва­ние бо­яр на­пи­сать осо­бую гра­мо­ту к на­ро­ду с при­зы­вом по­ло­жить­ся на во­лю Си­гиз­мун­да пат­ри­арх Гер­мо­ген от­ве­тил ре­ши­тель­ным от­ка­зом и угро­зой ана­фе­мат­ство­ва­ния. Он от­кры­то вы­сту­пил про­тив ино­зем­ных за­хват­чи­ков, при­зы­вая рус­ских лю­дей встать на за­щи­ту Ро­ди­ны. По бла­го­сло­ве­нию пат­ри­ар­ха Гер­мо­ге­на из Ка­за­ни бы­ла пе­ре­не­се­на Ка­зан­ская ико­на Пре­свя­той Бо­го­ро­ди­цы (ско­рее все­го – ко­пия с под­лин­ной), ко­то­рая ста­ла глав­ной свя­ты­ней опол­че­ния.

Моск­ви­чи под во­ди­тель­ством Козь­мы Ми­ни­на и кня­зя Дмит­рия По­жар­ско­го под­ня­ли вос­ста­ние, в от­вет на ко­то­рое по­ля­ки по­до­жгли го­род, а са­ми укры­лись в Крем­ле. Сов­мест­но с рус­ски­ми из­мен­ни­ка­ми они на­силь­но све­ли свя­то­го пат­ри­ар­ха Гер­мо­ге­на с пат­ри­ар­ше­го пре­сто­ла и за­клю­чи­ли его в Чу­до­вом мо­на­сты­ре под стра­жу. В Свет­лый по­не­дель­ник 1611 го­да рус­ское опол­че­ние на­ча­ло оса­ду Крем­ля, про­дол­жав­шу­ю­ся несколь­ко ме­ся­цев. Оса­жден­ные в Крем­ле по­ля­ки не раз по­сы­ла­ли к пат­ри­ар­ху по­слов с тре­бо­ва­ни­ем, чтобы он при­ка­зал рус­ским опол­чен­цам отой­ти от го­ро­да, угро­жая при этом ему смерт­ной каз­нью. Свя­ти­тель твер­до от­ве­чал: «Что вы мне угро­жа­е­те? Бо­юсь од­но­го Бо­га. Ес­ли все вы, ли­тов­ские лю­ди, пой­де­те из Мос­ков­ско­го го­су­дар­ства, я бла­го­слов­лю рус­ское опол­че­ние ид­ти от Моск­вы, ес­ли же оста­не­тесь здесь, я бла­го­слов­лю всех сто­ять про­тив вас и по­ме­реть за пра­во­слав­ную ве­ру». Уже из за­то­че­ния свя­щен­но­му­че­ник Гер­мо­ген об­ра­тил­ся с по­след­ним по­сла­ни­ем к рус­ско­му на­ро­ду, в ко­то­ром при­зы­вал креп­ко сто­ять в ве­ре и по­мыш­лять лишь о том, как «ду­ши свои по­ло­жи­ти за дом Пре­чи­стой и за ве­ру». Пат­ри­арх Гер­мо­ген бла­го­сло­вил рус­ских лю­дей на осво­бо­ди­тель­ный по­двиг.

Бо­лее де­вя­ти ме­ся­цев то­мил­ся свя­ти­тель Гер­мо­ген в тяж­ком за­то­че­нии. 17 фев­ра­ля 1612 го­да он му­че­ни­че­ски скон­чал­ся от го­ло­да и жаж­ды.

Из­ве­стие о его смер­ти еще бо­лее спло­ти­ло опол­чен­цев. Бли­зи­лась ре­ши­тель­ная бит­ва. По­след­ние три дня пе­ред ней по­чти от­ча­яв­ше­е­ся рус­ское во­ин­ство про­ве­ло в по­сте и мо­лит­ве. И 27 ок­тяб­ря 1612 го­да оже­сто­чен­ное со­про­тив­ле­ние поль­ско-ли­тов­ских от­ря­дов бы­ло окон­ча­тель­но слом­ле­но.

Осво­бож­де­ние Рос­сии, за ко­то­рое с та­ким несо­кру­ши­мым му­же­ством сто­ял свя­ти­тель Гер­мо­ген, успеш­но за­вер­ши­лось рус­ским на­ро­дом по его пред­ста­тель­ству. Те­ло свя­щен­но­му­че­ни­ка Гер­мо­ге­на бы­ло с по­до­ба­ю­щей че­стью по­гре­бе­но в Чу­до­вом мо­на­сты­ре. Свя­тость пат­ри­ар­ше­го по­дви­га, как и его лич­но­сти в це­лом, бы­ла оза­ре­на свы­ше позд­нее – при вскры­тии в 1652 го­ду ра­ки с мо­ща­ми пре­по­доб­но­го. Через 40 лет по­сле смер­ти пат­ри­арх Гер­мо­ген ле­жал как жи­вой, а в 1654 го­ду нетлен­ные его мо­щи бы­ли пе­ре­не­се­ны в Успен­ский со­бор Мос­ков­ско­го Крем­ля.

Ве­ли­ко об­ще­на­цио­наль­ное зна­че­ние свя­ти­те­ля Гер­мо­ге­на, неуто­ми­мо­го бор­ца за чи­сто­ту пра­во­сла­вия и един­ство Рус­ской зем­ли. Его цер­ков­ная и пат­ри­о­ти­че­ская де­я­тель­ность в те­че­ние несколь­ких сто­ле­тий слу­жит для рус­ско­го че­ло­ве­ка яр­ким об­раз­цом пла­мен­ной ве­ры и люб­ви к сво­е­му на­ро­ду. Цер­ков­ная де­я­тель­ность пер­во­свя­ти­те­ля ха­рак­те­ри­зу­ет­ся вни­ма­тель­ным и стро­гим от­но­ше­ни­ем к бо­го­слу­же­нию. При нем бы­ли из­да­ны: Еван­ге­лие, Ми­неи Ме­сяч­ные: сен­тябрь, ок­тябрь, но­ябрь и пер­вые 20 дней де­каб­ря, а так­же в 1610 го­ду был на­пе­ча­тан «Боль­шой Цер­ков­ный Устав». При этом свя­ти­тель Гер­мо­ген не огра­ни­чи­вал­ся бла­го­сло­ве­ни­ем к из­да­нию книг, но тща­тель­но на­блю­дал за ис­прав­но­стью тек­стов. По бла­го­сло­ве­нию свя­ти­те­ля Гер­мо­ге­на с гре­че­ско­го на рус­ский язык бы­ла пе­ре­ве­де­на служ­ба свя­то­му апо­сто­лу Ан­дрею Пер­во­зван­но­му и вос­ста­нов­ле­но празд­но­ва­ние его па­мя­ти в Успен­ском со­бо­ре. Под на­блю­де­ни­ем пер­во­свя­ти­те­ля бы­ли сде­ла­ны но­вые стан­ки для пе­ча­та­ния бо­го­слу­жеб­ных книг и по­стро­е­но но­вое зда­ние ти­по­гра­фии, по­стра­дав­шее во вре­мя по­жа­ра 1611 го­да, ко­гда Москва бы­ла по­до­жже­на по­ля­ка­ми. За­бо­тясь о со­блю­де­нии бо­го­слу­жеб­но­го чи­на, свя­ти­тель Гер­мо­ген со­ста­вил «По­сла­ние на­ка­за­тель­но ко всем лю­дям, па­че же свя­щен­ни­ком и диа­ко­ном о ис­прав­ле­нии цер­ков­но­го пе­ния». «По­сла­ние» об­ли­ча­ет свя­щен­но­слу­жи­те­лей в неустав­ном со­вер­ше­нии цер­ков­ных служб – мно­го­гла­сии, а ми­рян – в небла­го­го­вей­но­сти при бо­го­слу­же­нии.

Об­ла­дая вы­да­ю­щим­ся умом, свя­ти­тель Гер­мо­ген мно­го за­ни­мал­ся в мо­на­стыр­ских биб­лио­те­ках, преж­де все­го – в бо­га­тей­шей биб­лио­те­ке Мос­ков­ско­го Чу­до­ва мо­на­сты­ря, где вы­пи­сы­вал из древ­них ру­ко­пи­сей цен­ней­шие ис­то­ри­че­ские све­де­ния, по­ло­жен­ные в ос­но­ву ле­то­пис­ных за­пи­сей. В со­чи­не­ни­ях пред­сто­я­те­ля Рус­ской Церк­ви и его ар­хи­пас­тыр­ских гра­мо­тах по­сто­ян­но встре­ча­ют­ся ссыл­ки на Свя­щен­ное Пи­са­ние и при­ме­ры, взя­тые из ис­то­рии, что сви­де­тель­ству­ет о глу­бо­ком зна­нии Сло­ва Бо­жия и на­чи­тан­но­сти в цер­ков­ной пись­мен­но­сти то­го вре­ме­ни. С этой на­чи­тан­но­стью пат­ри­арх Гер­мо­ген со­еди­нял и вы­да­ю­щи­е­ся спо­соб­но­сти про­по­вед­ни­ка и учи­те­ля.