По данным СП, Пономарев не только последний месяц не появлялся в Госдуме, но и не был в России последние два года.

В апреле 2015 года Госдума лишила неприкосновенности депутата Пономарева и дала согласие на возбуждение в отношении него уголовного дела. Соответствующее представление Генпрокуратуры РФ поддержали представители всех фракций. Пономареву было предъявлено обвинение в пособничестве в растрате (ч.5 ст.33, ч.4 ст.160 УК РФ) $750 тысяч фонда "Сколково". Он был объявлен в международный розыск.

4 мая президент РФ Владимир Путин подписал закон, согласно которому полномочия депутата Госдумы могут быть досрочно прекращены по инициативе фракции либо комитета, в котором он состоит, в случае неисполнения парламентарием своих обязанностей в течение 30 и более календарных дней.

"Эсеры" заявляли, что в случае принятия законопроекта поставят вопрос о досрочном прекращении полномочий двух своих депутатов - Пономарева и Алексея Митрофанова, которые длительное время не появляются в Думе и, по некоторым данным, находятся за границей.

6 июня первый заместитель руководителя фракции "Справедливая Россия" Михаил Емельянов заявил, что "оба коллеги утратили связь с фракцией, последние годы они здесь практически не появлялись. Они не принимают участия в работе Госдумы". Он отметил, что они также не работают в тех комитетах, к которым они приписаны, и не проводят встречи с избирателями в регионах, откуда они избраны.

Комиссия Госдумы по вопросам депутатской этики в минувшую среду поддержала обращение фракции "Справедливая Россия" о лишении мандата Пономарева, касательно Митрофанова будет проверяться информация о состоянии его здоровья.

При голосовании в Госдуме за ратификацию договора о присоединении Крыма и Севастополя к России 20 марта 2014 года Илья Пономарев был единственным депутатом, который проголосовал против.