В 1854 году он закончил семинарию (здесь ему дали фамилию Невский) и согласно своему желанию служить делу проповеди Евангелия поехал в Алтайскую миссию рядовым сотрудником, хотя по блестящим успехам мог бы продолжить обучение в Академии. Образцом миссионерского служения для него стал преподобный архимандрит Макарий (Глухарёв, память 18 мая) основатель Алтайской миссии, о жизни и трудах которого он слышал от очевидцев. Первое время будущий святитель служил чтецом, преподавал в Катехизаторской школе, сопровождал миссионеров в отдалённые труднодоступные дикие места, изучал алтайский язык.
16 марта 1861 года он принимает монашеский постриг с именем Макария, в честь преподобного Макария Великого. На следующий день его рукополагают в иеродиакона, а 19 марта – в иеромонаха. Теперь начинается его самостоятельное миссионерское служение – сначала в Чемальском стане, а затем в Чулышмане. Успех проповеди мог быть лишь в том случае, когда народу несли Слово Божие на его родном языке. Поэтому отец Макарий в совершенстве овладел алтайским языком и его наречьями. И многие годы он посвящает переводу богослужебных книг на алтайский язык, работая над этим в Санкт-Петербурге и в Казани. В 1875 году отца Макария назначают помощником начальника Алтайской миссии.
В 1883 году отца Макария возводят в сан епископа Бийского и он становится начальником Алтайской миссии. В этой должности владыка прослужил восемь лет. За это время число крещёных возросло до 19216 человек (во время основания миссии при преподобном архимандрите Макарии (Глухарёве) число крещёных – 675 душ), число приходских храмов – до 49, открыто такое же количество школ и училищ с числом учащихся до 1168 человек.
За 36 лет своего миссионерского служения владыка Макарий приобрёл всероссийскую известность. В 1891 году его назначают епископом Томским. Владыка Макарий считал, что пастырь должен быть готов «во всякое время износить из сокровищницы души своея для одних утешение, для других – наставление, для третьих – ободрение, а для иных обличение». Он занимался также попечительством: к концу пребывания его на Томской кафедре в Томске было одиннадцать церковно-приходских попечительств, занимавшихся сбором средств для бедных, шесть приютов для детей, ночлежный дом, пять богаделен. За время его служения в епархии было открыто 217 новых приходов, два женских монастыря, 229 церковно-приходских школ, 442 приходских попечительства.
Святитель Макарий предчувствовал грядущие события в России. В одном из своих поучений он говорил: «Мы переживаем смутные времена. Бывали на Руси лихолетия, но тогда было не так худо как теперь. Тогда были все за Бога, все желали знать, что Ему угодно; а теперь не то. Тогда были за Царя. Теперь опять не то. Теперь слышатся голоса хульные на Бога и замыслы против Помазанника Его... В подмётных письмах и листках их мы читаем, что они, как вестники ада, жаждут разрушения, беспорядков... Их желание — всё перевернуть, чтобы голова стала внизу, а ноги наверху; чтобы честный человек ждал милости из рук босяка, которого они хотят сделать раздаятелем награбленного ими...». Владыка предрекал, обличая смутьянов: «Не хотите вы своей Русской власти, так будет же у вас власть иноплеменная».
В мае 1906 года его возвели в сан архиепископа. А в 1912 году назначили митрополитом Московским и Коломенским и членом Святейшего Синода. В Москве, как и в Томске, владыка большое внимание уделяет катехизации народа, смело обличает нравственную распущенность современников, выступает против всего, что подтачивает «твердыню Церкви Божией». Священномученик Арсений (Жадановский) (память 14 сентября) в своих воспоминаниях писал: «Гордой столице не понравилось его простое учительство, его строго церковное патриархальное направление. Отшедшие от веры и доброй нравственности люди считали его за отсталого, неинтересного архиерея, а пастыри, ставившие на первое место не спасение пасомых, а свои личные житейские интересы, не находили себе в митрополите поддержки».
Митрополит Макарий был духовным писателем, имел дар умной сердечной молитвы, был строгий монах и аскет.
В 1917 году после Февральского переворота в газетах начинается кампания клеветы на владыку, который остался верен присяге государю и отказался присягнуть Временному правительству. Его не допустили на Всероссийский собор 1917–18 годов. Святителя принуждают «как не соответствующего духу времени» – под угрозой заключения в Петропавловскую крепость – подать прошение об отставке. Это было явно беззаконное, противоканоническое действие со стороны Временного масонского правительства, так как московские митрополиты благодаря своему особому статусу никогда не увольнялись на покой – ни по причине болезни, ни по старости. Кроме того, 82-хлетнего старца лишили положенного ему по статусу содержания и права проживания в Троице-Сергиевой Лавре – священноархимандритом которой он был, – сослав в Николо-Угрешский монастырь.
Последние годы святой старец, забытый и покинутый почти всеми, находился в параличе, но не потерял способность говорить. Не раз посещал больного владыку св. патриарх Тихон, последнее их свидание было в августе 1924 года, оба испросили друг у друга прощение. Священномученик митрополит Пётр, став патриаршим местоблюстителем, просил у старца благословения, и владыка с любовью подарил ему свой белый клобук.
Выдающийся святитель-миссионер, «Апостол Алтая», «Сибирский столп Православия», «живой русский святой» – так называли его современники – почил 16 февраля 1926 года в посёлке Котельники Московской области Люберецкого района. В 1957 году его честные нетленные останки были перенесены в Троице-Сергиеву Лавру и захоронены в храме Русских Святых Успенского Собора. В 2016 году мощи святителя были переданы в Свято-Макариевский храм г. Горно-Алтайска.
Причислен к лику святых Русской Православной Церкви для общецерковного почитания на Архиерейском Соборе в августе 2000 года. Включен в Собор Московских святых (память в воскресенье перед 26 августа по старому стилю).
