Вско­ре свя­то­го Иоан­на со­чли до­стой­ным кан­ди­да­том для за­ня­тия епи­скоп­ской ка­фед­ры. Од­на­ко он из сми­ре­ния укло­нил­ся от ар­хи­ерей­ско­го са­на. В это вре­мя свя­той Иоанн на­пи­сал «Шесть слов о свя­щен­стве», ве­ли­кое тво­ре­ние пра­во­слав­но­го пас­тыр­ско­го бо­го­сло­вия. Че­ты­ре го­да про­вел свя­той в тру­дах пу­стын­ни­че­ско­го жи­тель­ства, на­пи­сав «Про­тив во­ору­жа­ю­щих­ся на ищу­щих мо­на­ше­ства» и «Срав­не­ние вла­сти, бо­гат­ства и пре­иму­ществ цар­ских с ис­тин­ным и хри­сти­ан­ским лю­бо­муд­ри­ем мо­на­ше­ской жиз­ни». Два го­да свя­той со­блю­дал пол­ное без­мол­вие, на­хо­дясь в уеди­нен­ной пе­ще­ре. Для вос­ста­нов­ле­ния здо­ро­вья свя­той Иоанн дол­жен был воз­вра­тить­ся в Ан­тио­хию. В 381 го­ду епи­скоп Ме­ле­тий Ан­тио­хийск­ий по­свя­тил его во диа­ко­на. По­сле­ду­ю­щие го­ды бы­ли по­свя­ще­ны со­зда­нию но­вых бо­го­слов­ских тво­ре­ний: «О про­ви­де­нии», «Кни­га о дев­стве», «К мо­ло­дой вдо­ве» (два Сло­ва), «Кни­га о свя­том Ва­ви­ле и про­тив Юли­а­на и языч­ни­ков».

В 386 го­ду свя­той Иоанн был хи­ро­то­ни­сан епи­ско­пом Ан­тио­хий­ским Фла­виа­ном во пре­сви­те­ра. На него воз­ло­жи­ли обя­зан­ность про­по­ве­до­вать Сло­во Бо­жие. Свя­той Иоанн ока­зал­ся бле­стя­щим про­по­вед­ни­ком и за ред­кий дар бо­го­вдох­но­вен­но­го сло­ва по­лу­чил от паст­вы на­име­но­ва­ние «Зла­то­уст». Две­на­дцать лет свя­той при сте­че­нии на­ро­да, обыч­но два­жды в неде­лю, а ино­гда еже­днев­но, про­по­ве­до­вал в хра­ме, по­тря­сая серд­ца слу­ша­те­лей.

В пас­тыр­ской рев­но­сти о наи­луч­шем усво­е­нии хри­сти­а­на­ми Свя­щен­но­го Пи­са­ния свя­той Иоанн об­ра­тил­ся к гер­ме­нев­ти­ке – на­у­ке о тол­ко­ва­нии Сло­ва Бо­жия. Он на­пи­сал тол­ко­ва­ния на мно­гие кни­ги Свя­щен­но­го Пи­са­ния (Бы­тия, Псал­тирь, Еван­ге­лия от Мат­фея и Иоан­на, По­сла­ния апо­сто­ла Пав­ла) и мно­же­ство бе­сед на от­дель­ные биб­лей­ские тек­сты, а так­же по­уче­ния на празд­ни­ки, в по­хва­лу свя­тых и сло­ва апо­ло­ге­ти­че­ские (про­тив ано­ме­ев, иудей­ству­ю­щих и языч­ни­ков). Свя­той Иоанн как пре­сви­тер рев­ност­но ис­пол­нял за­по­ведь по­пе­че­ния о бед­ных: при нем Ан­тио­хий­ская Цер­ковь пи­та­ла каж­дый день до 3000 дев и вдо­виц, не счи­тая за­клю­чен­ных, стран­ни­ков и боль­ных. Сла­ва за­ме­ча­тель­но­го пас­ты­ря и про­по­вед­ни­ка рос­ла.

В 397 го­ду, по­сле кон­чи­ны Кон­стан­ти­но­поль­ско­го ар­хи­епи­ско­па Нек­та­рия, свя­той Иоанн Зла­то­уст был вы­зван из Ан­тио­хии для по­став­ле­ния на Кон­стан­ти­но­поль­скую ка­фед­ру. В сто­ли­це свя­той ар­хи­пас­тырь не мог про­по­ве­до­вать так ча­сто, как в Ан­тио­хии. Мно­же­ство дел ожи­да­ло ре­ше­ния свя­ти­те­ля, он на­чал с глав­но­го – с ду­хов­но­го со­вер­шен­ство­ва­ния свя­щен­ства. И здесь луч­шим при­ме­ром был он сам. Сред­ства, ко­то­рые пред­на­зна­ча­лись для ар­хи­епи­ско­па, свя­той об­ра­тил на со­дер­жа­ние несколь­ких боль­ниц и двух го­сти­ниц для па­лом­ни­ков. Ар­хи­пас­тырь до­воль­ство­вал­ся скуд­ной пи­щей, от­ка­зы­вал­ся от при­гла­ше­ния на обе­ды. Рев­ность свя­ти­те­ля к утвер­жде­нию хри­сти­ан­ской ве­ры рас­про­стра­ня­лась не толь­ко на жи­те­лей Кон­стан­ти­но­по­ля, но и на Фра­кию, вклю­чая сла­вян и го­тов, Ма­лую Азию и Пон­тий­скую об­ласть. Им был по­став­лен епи­скоп для Церк­ви Бос­по­ра, на­хо­див­шей­ся в Кры­му. Свя­той Иоанн на­прав­лял рев­ност­ных мис­си­о­не­ров в Фини­кию, Пер­сию, к ски­фам, пи­сал по­сла­ния в Си­рию, чтобы вер­нуть Церк­ви мар­ки­о­ни­тов, и до­бил­ся это­го. Мно­го тру­дов по­ло­жил свя­ти­тель на устро­е­ние бла­го­леп­но­го бо­го­слу­же­ния: со­ста­вил чин ли­тур­гии, ввел ан­ти­фон­ное пе­ние за все­нощ­ным бде­ни­ем, на­пи­сал несколь­ко мо­литв чи­на еле­освя­ще­ния. Рас­пу­щен­ность сто­лич­ных нра­вов, осо­бен­но им­пе­ра­тор­ско­го дво­ра, на­шла в ли­це свя­ти­те­ля нели­це­при­ят­но­го об­ли­чи­те­ля. Ко­гда им­пе­ра­три­ца Ев­док­сия, же­на им­пе­ра­то­ра Ар­ка­дия (395–408), рас­по­ря­ди­лась о кон­фис­ка­ции соб­ствен­но­сти у вдо­вы и де­тей опаль­но­го вель­мо­жи, свя­той встал на их за­щи­ту. Гор­дая им­пе­ра­три­ца не усту­пи­ла и за­та­и­ла гнев на ар­хи­пас­ты­ря. Нена­висть Ев­док­сии к свя­ти­те­лю раз­го­ре­лась с но­вой си­лой, ко­гда недоб­ро­же­ла­те­ли ска­за­ли ей, буд­то свя­ти­тель в сво­ем по­уче­нии о су­ет­ных жен­щи­нах имел в ви­ду ее. Суд, со­став­лен­ный из иерар­хов, спра­вед­ли­во об­ли­ча­е­мых ра­нее Зла­то­устом, по­ста­но­вил низ­ло­жить свя­то­го Иоан­на и за оскорб­ле­ние им­пе­ра­три­цы пре­дать каз­ни. Им­пе­ра­тор Ар­ка­дий за­ме­нил казнь из­гна­ни­ем. У хра­ма тол­пил­ся воз­буж­ден­ный на­род, ре­шив­ший за­щи­щать сво­е­го пас­ты­ря. Свя­ти­тель, чтобы из­бе­жать вол­не­ний, сам от­дал се­бя в ру­ки вла­стей. Той же но­чью в Кон­стан­ти­но­по­ле про­изо­шло зем­ле­тря­се­ние. Ис­пу­ган­ная Ев­док­сия про­си­ла им­пе­ра­то­ра сроч­но вер­нуть свя­то­го и немед­ля по­сла­ла пись­мо из­гнан­но­му пас­ты­рю, умо­ляя его вер­нуть­ся. Но уже через два ме­ся­ца но­вый до­нос про­бу­дил гнев Ев­док­сии. В мар­те 404 го­да со­сто­ял­ся непра­вед­ный со­бор, по­ста­но­вив­ший из­гнать свя­то­го Иоан­на. По уда­ле­нии его из сто­ли­цы по­жар об­ра­тил в пе­пел зда­ние се­на­та, по­сле­до­ва­ли опу­сто­ши­тель­ные на­бе­ги вар­ва­ров, а в ок­тяб­ре 404 го­да умер­ла Ев­док­сия. Да­же языч­ни­ки ви­де­ли в этих со­бы­ти­ях Небес­ное на­ка­за­ние за непра­вед­ное осуж­де­ние угод­ни­ка Бо­жия.

На­хо­дясь в Ар­ме­нии, свя­ти­тель Иоанн ста­рал­ся укре­пить сво­их ду­хов­ных чад. В мно­го­чис­лен­ных пись­мах (их со­хра­ни­лось 245) епи­ско­пам Азии, Аф­ри­ки, Ев­ро­пы и сво­им дру­зьям в Кон­стан­ти­но­по­ле он уте­шал стра­да­ю­щих, на­став­лял и под­дер­жи­вал сво­их при­вер­жен­цев. Зи­мой 406 го­да свя­той был бо­лез­нью при­ко­ван к по­сте­ли. Но вра­ги его не уни­ма­лись. Из сто­ли­цы при­шел при­каз пе­ре­ве­сти его в глу­хой Пит­нус (Пи­цун­ду, в Аб­ха­зии). Ис­то­щен­ный бо­лез­ня­ми свя­ти­тель, в со­про­вож­де­нии кон­воя, три ме­ся­ца в дождь и зной со­вер­шал свой по­след­ний пе­ре­ход. В Ко­ма­нах си­лы оста­ви­ли его. У скле­па свя­то­го Ва­си­лис­ка († ок. 308, па­мять 22 мая), уте­шен­ный яв­ле­ни­ем му­че­ни­ка («Не уны­вай, брат Иоанн! Зав­тра мы бу­дем вме­сте»), при­ча­стив­шись Свя­тых Та­ин, все­лен­ский свя­ти­тель со сло­ва­ми «Сла­ва Бо­гу за все!» ото­шел ко Гос­по­ду 14 сен­тяб­ря 407 го­да.

Свя­ти­тель Иоанн Зла­то­уст был по­гре­бен в Ко­ма­нах. В 438 го­ду Про­кл, пат­ри­арх Кон­стан­ти­но­поль­ский (434–447), со­вер­шая бо­гослу­же­ние в хра­ме Свя­той Со­фии, про­из­нес по­хваль­ное сло­во па­мя­ти сво­е­го ве­ли­ко­го учи­те­ля, в ко­то­ром срав­ни­вал свя­ти­те­ля Иоан­на Зла­то­уста со свя­тым Иоан­ном, Пред­те­чей Гос­под­ним, про­по­ве­до­вав­шим по­ка­я­ние и так­же по­стра­дав­шим за об­ли­че­ние по­ро­ков. На­род, го­рев­ший лю­бо­вью к свя­ти­те­лю Иоан­ну Зла­то­усту, не дав пат­ри­ар­ху до­кон­чить сво­е­го сло­ва, на­чал еди­но­душ­но про­сить его об­ра­тить­ся к им­пе­ра­то­ру с прось­бой о пе­ре­не­се­нии свя­тых мо­щей свя­ти­те­ля из Ко­ман в Кон­стан­ти­но­поль. Свя­ти­тель Про­кл от­пра­вил­ся к ца­рю Фе­о­до­сию II (408–450) и от ли­ца Церк­ви и на­ро­да про­сил его об этом. Им­пе­ра­тор со­гла­сил­ся и от­пра­вил в Ко­ма­ны осо­бых по­слан­ни­ков с се­реб­ря­ной ра­кой, чтобы с по­че­том пе­ре­вез­ти свя­тые мо­щи. Жи­те­ли Ко­ман глу­бо­ко скор­бе­ли о том, что их ли­ша­ют ве­ли­ко­го со­кро­ви­ща, но не мог­ли про­ти­вить­ся цар­ско­му ука­зу. Ко­гда же им­пе­ра­тор­ские по­слан­цы при­сту­пи­ли к гро­бу свя­ти­те­ля Иоан­на, они не смог­ли взять его мо­щи. То­гда им­пе­ра­тор в рас­ка­я­нии на­пи­сал по­сла­ние свя­ти­те­лю, про­ся у него про­ще­ния за се­бя и за свою мать Ев­док­сию. По­сла­ние это про­чли у гро­ба свя­ти­те­ля Иоан­на, по­ло­жи­ли на него и со­вер­ши­ли все­нощ­ное бде­ние. За­тем при­сту­пи­ли к гроб­ни­це, лег­ко под­ня­ли мо­щи и внес­ли на ко­рабль (гроб­ни­ца свя­ти­те­ля Иоан­на оста­лась в Ко­ма­нах, близ Пи­цун­ды). То­гда же со­вер­ши­лось ис­це­ле­ние убо­го­го че­ло­ве­ка, при­ло­жив­ше­го­ся к по­кро­ву от гро­ба свя­то­го. По при­бы­тии мо­щей свя­ти­те­ля Иоан­на в Кон­стан­ти­но­поль, 27 ян­ва­ря 438 го­да, весь го­род во гла­ве с пат­ри­ар­хом Про­к­лом, им­пе­ра­то­ром Фе­о­до­си­ем, со всем его син­кли­том и мно­же­ством на­ро­да вы­шел на­встре­чу. Мно­го­чис­лен­ные кли­ри­ки со све­ча­ми, ка­ди­ла­ми и хо­руг­вя­ми взя­ли се­реб­ря­ную ра­ку и с пес­но­пе­ни­я­ми внес­ли ее в цер­ковь свя­той му­че­ни­цы Ири­ны. Ко­гда пат­ри­арх Про­кл от­крыл гроб, те­ло свя­ти­те­ля Иоан­на ока­за­лось нетлен­ным, от него ис­хо­ди­ло бла­го­уха­ние. При­пав ко гро­бу, им­пе­ра­тор Фе­о­до­сий II со сле­за­ми про­сил свя­ти­те­ля про­стить его мать. На­род не от­хо­дил от ра­ки весь день и всю ночь. На­ут­ро мо­щи свя­то­го бы­ли от­не­се­ны в со­бор­ную цер­ковь Свя­тых Апо­сто­лов. Ко­гда ра­ка бы­ла по­став­ле­на на пат­ри­ар­шем пре­сто­ле, весь на­род еди­ны­ми уста­ми вос­клик­нул: «При­ми пре­стол свой, от­че!» – и пат­ри­арх Про­кл со мно­ги­ми сто­яв­ши­ми у ра­ки уви­де­ли, как свя­ти­тель Иоанн от­крыл уста свои и про­из­нес «Мир всем!»

В IX ве­ке Иосиф Пес­но­пи­сец, Кос­ма Ве­сти­тор и дру­гие на­пи­са­ли пес­но­пе­ния в честь пе­ре­не­се­ния мо­щей свя­ти­те­ля Иоан­на Зла­то­уста, ко­то­рые и по­ныне по­ют­ся Цер­ко­вью в вос­по­ми­на­ние это­го со­бы­тия.