Господь рано открыл будущему святителю его высокое предназначение. На двенадцатом году жизни Елевферий раскинул сети для ловли птиц, незаметно для самого себя задремал и вдруг явственно услышал голос: "Алексий! Что напрасно трудишься? Ты будешь ловить людей". С этого дня отрок стал уединяться, часто посещать церковь и в пятнадцать лет решился стать иноком. В 1320 году он вступил в Московский Богоявленский монастырь, где провел более двадцати лет в строгих иноческих подвигах. Руководителями его и друзьями были замечательные подвижники этой обители - старец Геронтий и Стефан, брат преподобного Сергия Радонежского. Затем митрополит Феогност повелел будущему святителю оставить монастырь и заведовать судебными делами Церкви. Эту должность святой исполнял 12 лет со званием митрополичьего наместника. В конце 1350 года владыка Феогност посвятил Алексия во епископа Владимирского, а по смерти митрополита он стал его преемником в 1354 году. В то время Русская Церковь раздираема была великими нестроениями и распрями, в частности из-за претензий митрополита Литвы и Волыни Романа. В 1356 году, чтобы положить конец смутам и тревогам, святитель отправился в Константинополь к Вселенскому Патриарху. Патриарх Каллист дал Алексию право считаться архиепископом Киева и великой России с титулом "всечестнаго митрополита и экзарха". На обратном пути во время бури на море кораблю грозила гибель. Алексий молился и дал обет построить храм святому того дня, в который корабль пристанет к берегу. Буря утихла, корабль пристал 16 августа. Восторженно встретила святителя Москва.
Несмотря на все смуты, святитель Алексий всячески заботился о своей пастве - ставил епископов, устраивал общежительные монастыри (по образцу Троицкого, основанного Преподобным Сергием), налаживал отношения с ордынскими ханами. Не раз святому и самому приходилось путешествовать в Золотую Орду. В 1357 году хан потребовал у великого князя, чтобы святитель прибыл к нему и исцелил слепую Тайдулу - его супругу. "Прошение и дело превышает меру сил моих, - сказал святой Алексий, - но я верю Тому, Который дал прозреть слепому, - не презрит Он молитвы веры". И действительно, по его молитве, окропленная святой водой, супруга хана исцелилась.
Когда скончался великий князь Иоанн, святитель взял под свою опеку малолетнего его сына Димитрия(будущего Донского). Много пришлось святому владыке потрудиться, дабы примирять и смирять строптивых князей, не желавших признавать власть Москвы. Вместе с тем не оставлял митрополит и трудов по устройству новых обителей. Им основаны в 1361 году Спаса Неруко-творенного Образа монастырь на Яузе в Москве (Андроников, по имени ученика преподобного Сергия, первого игумена монастыря) по обету, который он дал, когда корабль во время его поездки в Константинополь терпел бедствие; Чудов - в Московском Кремле, восстановлены и две древние обители - Благовещенская в Нижнем Новгороде и Константино-Еленинская во Владимире. В 1361 году также была построена женская общежительная обитель его имени (Алексеевская).
Святитель Алексий достиг глубокой старости - 78 лет, пробыв на митрополичьей кафедре 24 года. Почил он 12 февраля 1378 года и погребен по завещанию в Чудовом монастыре. Мощи его были обретены через 50 лет чудесным образом, после чего стали чтить память великого святителя и молитвенника за Русскую землю.